Давайте посмотрим на примере банковского счета. Конечно, это изврат но клиент он всегда говорят прав. Итак, нам нужно два субсчета и что бы банковская выписка работала. Да простит меня минфин с их типовым планом, правим план счетов и делаем два субсчета.

Но если сейчас попробовать делать банковскую выписку Вы получите сообщение об ошибках. Нам нужно где то хранить информацию на каком счета находиться субсчет. Лучше всего наверно в справочнике банковские счета. Делаем новый реквизит в справочнике банковские счета.

И помещаем на форму для заполнения.

Теперь нужно запустить 1С и его заполнить этот реквизит ( вообще масло масленое получиться если вдуматься, ну да ладно).

И исправить код документа выписка. Для этого нужно сделать переменную, она есть просто нужно объявить ее для того что бы можно было воспользоваться. Это мы делаем в модуле формы.

Перем Новый;
Перем СписокДействий;    
Перем  ВыбрБанковскийСчет;

//******************************************************************************

При выборе банковского счета устанавливаем переменную СЧ_51 которая используется для проведения.

Процедура ПриВыбореБанковскогоСчета()
     ВыбрБанковскийСчет = СоздатьОбъект("Справочник.БанковскиеСчета");
     ВыбрБанковскийСчет.НайтиЭлемент(БанковскийСчет);
     Если ВыбрБанковскийСчет.Выбрать("Укажите расчетный счет","ДляВыбора") = 1 Тогда
     	БанковскийСчет = ВыбрБанковскийСчет.ТекущийЭлемент();
     КонецЕсли;
     Сч51=ВыбрБанковскийСчет.Сч;
     УстановитьТипВыписки();
КонецПроцедуры

И все. Теперь можно проводить выписку и операции будут распределены по субсчетам.